1990-1991 Eğitim-Öğretim yılına kadar Marmaris Lisesi bünyesinde Ortaokul olarak eğitim yapmakta olan kurumumuz, zamanla binanın yetersiz kalması nedeniyle, arsası Milli Eğitim Bakanlığı tarafından istimlak edilmek suretiyle 3 katlı betonarme olarak yeniden inşa edilmiştir.

1990-1991 Eğitim-Öğretim yılı başında birinci kademeye öğrenci alınmayarak "Atatürk Ortaokulu"  adıyla eğitim- öğretime açılan okulumuz,1991- 1992 yılından itibaren yeniden birinci kademeye öğrenci alınarak "Atatürk İlköğretim Okulu" adıyla eğitim öğretime devam etmiştir. Ancak ilçe merkezinde bulunan "Atatürk İlköğretim Okulu"  ile isim benzerliği çeşitli karışıklıklara neden olunca aynı yıl ilçemize yerleşen 7. Cumhurbaşkanı Sayın Kenan Evren'in adını alarak 2012-2013 Eğitim –Öğretim yılına kadar "Kenan Evren İlköğretim Okulu" olarak eğitim-öğretime devam etmiştir. 2013 Eğitim-Öğretim yılından itibaren ise Marmaris Kenan Evren Ortaokulu olarak hizmet vermiştir 07/04/2014 tarihinde Milli Eğitim Komisyonu kararı ile ''Marmaris Kenan Evren Ortaokulu'' adı ''Marmaris Ortaokulu '' olarak değiştirilmiş, halen Marmaris Ortaokulu adıyla eğitim-öğretime devam etmektedir.

Okulumuz 8249m2 alan üzerinde yer almaktadır. 1993-1994 Eğitim –Öğretim yılında okul binasına ait 660m2 'lik alan Marmaris Öğretmenevi ve Akşam Sanat Okuluna tahsis edilmiştir.

1340 m2 okul binasında 32 derslik, 2 Ana Sınıfı dersliği, 1 Fen Bilgisi Laboratuvarı, 1 Bilişim Teknolojisi dersliği, 2 Teknoloji ve Tasarım dersliği,1 Görsel Sanatlar dersliği, 1 Müzik dersliği ve 2019 yılında Muğla İl Milli Eğitim Müdürlüğü tarafından yapımı tamamlanan -Z Kütüphane ile binadan ayrı Kapalı Spor Salonu bulunmaktadır. Okulumuz Marmaris Ortaokulu adıyla ilk mezunlarını 2014-2015 yılında vermiştir.

Teknolojik alt yapısı ve donanımları ile görsel-işitsel eğitimin yanında proje tabanlı eğitim yapılmaktadır. Okulumuz, 2018/2019 Eğitim Öğretim yılında finansmanı Türkiye Ulusal Ajans tarafından yapılan Erasmus+ okul eğitimi personel hareketliliği projesinde Konsorsiyuma dâhil olmuş; Uluslararası ve Ulusal alanda yapılan projelere, Sıfır Atık ve Beslenme Dostu Okul projelerine de katılım göstermiştir. "Temiz Okul Sağlıklı Okul "projesi kapsamında "BEYAZ BAYRAK" almıştır. il ve ilçe bazında kültürel, sanatsal ve sportif yarışmalarda önemli başarılar elde etmiştir.